Trong quá trình điều tra, Cơ quan CSĐT xác định tại CNS xảy ra 1 số sai phạm trong hoạt động thoái vốn. Theo đó, năm 2017, CNS đã bán toàn bộ 51% cổ phần trong Công ty Cổ phần Điện tử Sài Gòn - Sagel với giá gần 21 tỷ đồng. Đáng nói, thời điểm đó, Công ty Cổ phần Điện tử Sài Gòn - Sagel sở hữu lô đất tại 119 Phổ Quang (quận Tân Bình, TP Hồ Chí Minh) có giá trị lên đến 3.000 tỷ đồng.

Tương tự, CNS còn thoái vốn tại Công ty Cổ phần TIE khi công ty này sở hữu nhiều lô đất có giá trị cao tại TP Hồ Chí Minh. Việc thoái vốn của CNS đã gây thất thoát cho nhà nước số tiền khoảng 1.700 tỷ đồng. 

Sau khi phát hiện sai phạm, đầu năm 2019, UBND TP Hồ Chí Minh đã ra quyết định tạm ngừng giao dịch, chuyển nhượng đối với các lô đất do CNS thoái vốn. Thanh tra TP Hồ Chí Minh sau đó đã cung cấp tài liệu liên quan CNS cho Bộ Công an phục vụ quá trình điều tra. 

Sau quá trình điều tra, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã ra quyết định khởi tố bị can đối với ông Chu Tiến Dũng (cựu Tổng Giám đốc CNS), Đỗ Văn Ngà (Kế toán trưởng kiêm Trưởng phòng Tài chính - Kế toán CNS), Nguyễn Hoàng Anh (Chủ tịch Hội đồng Thành viên CNS), Lê Viết Ba (Phó trưởng Phòng kế toán CNS) về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí. 

Đến ngày 10/3 vừa qua, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã tống đạt quyết định khởi tố bị can, bắt tạm giam ông Hoàng Minh Trí (cựu thành viên HĐQT Công ty TIE) về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí". 

Ngoài ra, Cơ quan CSĐT Bộ Công an cũng tống đạt quyết định khởi tố bị can và lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú đối với bà Phạm Thuý Oanh (Phó Tổng Giám đốc Công ty TIE) về cùng tội danh trên.