Tuy nhiên, nhiều hãng xe vịn cớ bến xe mới xa trung tâm TP Hồ Chí Minh đã lập "bến lậu" bên ngoài đón, trả khách sai quy định gây ảnh hưởng trật tự an toàn giao thông. Ngoài ra, hàng loạt nhà xe trong bến gặp khó vì không có khách. 

Do đó, đơn vị này đề xuất được thực hiện dịch vụ trung chuyển đưa đón hành khách tận nơi từ các quận, huyện ở TP Hồ Chí Minh (trừ huyện Cần Giờ) đi đến bến xe Miền Đông mới và ngược lại (cho tất cả các tuyến xe cố định có đăng ký hoạt động tại bến xe mới).

Thời gian dự kiến trung chuyển hành khách miễn phí là từ ngày 1/12/2022 đến ít nhất là ngày 30/6/2023, khi bến xe Miền Đông mới có phương án kết nối hành khách đi và đến các quận, huyện thuận tiện.

Từ ngày 11/10, Samco chính thức thực hiện di dời giai đoạn 2 với 79 tuyến xe khách cố định có lộ trình chạy trên quốc lộ 1 từ bến xe Miền Đông cũ (quận Bình Thạnh) sang bến xe mới (TP Thủ Đức).